由于用户软件需求的个性化，没有产品可以很好的满足，此时软件定制开发是必须的,然而定制软件开发是一个“费时、费力、费钱”的事情，对于最终用户而言需要投入人力进行项目开发实施，对于软件厂商而言，需要成立项目组并进行项目的需求、设计、开发，以及软件项目的管理、内部以及与用户之间的沟通、协调等。
在实际开发过程中，定制软件开发“三高二低”问题成为困扰很多软件厂商的五大问题。从需求分析、系统设计、代码编写、软件测试、应用维护，在整个软件项目的生命周期内，厂商的开发成本高、维护和服务成本高、重复开发率高、开发效率低、市场与需求应变效率低。
一高：定制开发工作量和开发成本“高”
一些软件厂商在进行软件开发时，往往只关注用户需求的实现和完成项目，缺少底层软件的积累，尤其是平台化产品的积累，由于很多项目需求的差异性，以及代码的通用性太差，每个项目都需要从基础做起，即从编写大量的基础代码开始，这样一来，不但增加了开发过程中的工作量和技术难度，更为糟糕的是需要每个开发人员具有较高的技术水平。因此，软件厂商需要投入较多的人力、财力和物力，无形中导致开发成本居高不下。

二高：用户需求变化程度“高”
不同行业的用户需求不同，或同一用户原有项目需求的不断深化，原有的定制开发软件系统逐渐不能满足用户综合复杂的业务需求。而在具体的定制软件开发项目中，首先是业务需求本身就在不断完善和变化；其次是需求和需求之间又互相关联引导。而当用户的需求发生变更和调整时，不断修改现有系统导致系统的稳定性变差，软件错误和Bug重重等问题逐渐凸显出来，对软件开发厂商提出了巨大的挑战。

三高：后期系统维护代价“高”
定制软件开发最大的特点是：系统不是一次性成型的，需要不断的进行功能完善、对错误的修复。但遗憾的是，很多项目开发都是从基础源代码开始做起，这类项目的定制软件都具有极高的耦合度。从事过开发的人都知道，高耦合度的软件相对而言是难以维护的，往往是对某一处进行调整容易引起更多地方的变动，导致系统出错频繁并增加维护概率。这种以一次开发持续使用为特征的定制软件，显然不能满足用户不断变化的各种应用需要，其维护成本太高导致厂商和用户都难以承受，甚至导致系统的维护与服务难以为继，对软件系统的正常使用带来不利的影响。

一低：技术人员流动造成项目可延续性“低”
很多软件厂商要做到“铁打的营盘流水的兵”，是非常难的事情，由于定制软件开发的项目实施人员不懂业务，而业务人员不懂技术开发形成了“不可调和”的矛盾，使得软件开发人员的个人能力成了决定软件实施周期、软件项目质量的重要因素。因此，软件行业的人才流动往往会给项目开发带来致命的影响，由于对指定和高水平技术人员的过度依赖，某个项目往往由于核心技术人员的流失后，造成整个定制软件开发项目难以延续，有些项目甚至是只好推倒重来，“悲剧”不断重演。

二低：定制软件开发和部署效率“低”
平台化的软件对定制开发软件是非常必要的，但形成一个优秀的软件平台不仅仅是技术难度大，同时周期也非常长。因此，很多厂商不愿意在这方面进行投入，每个项目都是想“快速”的完成开发，在软件开发过程中，大量的代码编写，无疑降低了软件开发的效率，使软件开发项目的定制开发、系统部署与实施时间较长，对软件厂商与用户双方都产生不利的影响。